分子动力学模拟仿真软件及硬件条件，求高人解答。。。

lammps软件虽然有很多方便之处，但是它模拟的分子量有限，由于这个软件只有5M左右，经行建模可能有些麻烦，国外有专门的用于分子模拟的软件，这要看你模拟的目的是什么，分为医药、生物、化学、材料等领域，每个领域都有相对专业的软件。比如accelrys materials studio等。对于硬件要求，如果是小型计算，个人电脑就可以，稍大一点的，为了节省成本，你可以买一个高端的台式电脑，比如i7内核的。如果模拟的分子量和尺度比较大，就要使用大型计算机。大型计算机你可以花钱让别人替你运算，自己建模，收费很贵，计算很快，开机后几分钟就搞定

Lammps程序怎么读懂 求解

lammps官网（百度搜lammps就ok）有m***nal手册，根据手册可以看懂的，看到不懂得句子查下手册就好。

大概程序的结构是，先定义维度、单元类型、原子类型、边界、线程；定义键型，作用范围；定义相邻条件；定义读取文件；定义键参数；定义输出步长；定义热运动、系综、基团；定义计算参数；输出计算参数。也可以在小木虫上多查查资料，前期学习会难些，祝你好运！

如何用lammps的模拟结果数据做出这样的温度分布图

LAMMPS中的温度是由原子的动能计算而来的，具体可参见手册compute temp command一节的说明。

LAMMPS的模拟结果，我这里指的是dump命令得到的lammpstrj文件，主要内容都是每个时刻每个原子的信息，包括坐标、速度、动能、势能等等（这些是由dump命令来设置的）。只要你的lammpstrj里面有动能数据，上面的图就容易画。

方法一：用OVITO导入lammpstrj，然后着色。

OVITO是一个专门对LAMMPS结果进行着色的软件，google一下就能找到官网，免费的，LINUX和WINDOWS下都有相应的版本。着色原理是按每个原子的某一种属性的值来配色，比如按原子的x值或者动能。操作很简单。缺点是得到的图是原子化的，基本单位是球，不是你想要的那种连续介质均匀分布的图。比如下图，就是石墨被C60轰击后表面区域的温度分布（侧视图），可以看到每个原子的温度。

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